M&Aの税務を紹介！税金の種類や生じるリスク、節税対策なども解説

「M&Aの税務について詳しく知りたい」という方も多いのではないでしょうか。
M&Aの税務に関する知識を前もって身に付けておくことで、リスクの回避や節税対策に役立ちます。

本コラムでは、M&Aの税務について紹介します。
M&Aの税金の申告・納税のタイミングや節税対策について解説します。また、売り手と買い手の立場に分けて、税金の種類計算方法などについても紹介するので参考にしてください。

M&Aに関する税務を把握しておくべき理由

M&Aを検討する際には、税務について知っておく必要があります。

M&Aの取引額は高額になることがほとんどです。
取引額が高額である分、M&Aに際して課税される税金も高額になる傾向があります。
高額な税金がかかることを把握しないままM&Aを実施した場合、税負担が経営を圧迫することになるでしょう。

M&Aを検討する際には、実施にあたって発生する税金をあらかじめ把握し、納税についてもM&Aのプラン策定に含めておくことが大切です。

また、M&Aのスキームや当事者の立場によって、発生する税金の種類・金額、節税対策の方法は異なります。
M&Aに関する税務について知っておくことで、税金の負担を減らせる可能性が高まります。

M&Aで発生する税金の申告・納税のタイミング

M&Aを実施する際には、税金が発生するケースがあります。
税金の申告時期や納付時期は、納税義務を負う事業者が「法人」か「個人」かによって変動します。

法人の申告・納税の時期

納税義務を負う事業者が法人であるケースでは、課税対象となるM&Aの取引が生じた事業年度において、事業年度の終了日の翌日から2ヶ月以内に申告・納税を実施します。

たとえば、事業年度が7月1日～6月末の法人で、課税対象となるM&Aの取引が7月11日に行われた場合は、翌年の8月末までに申告・納税を行うことが必要です。
つまり、事業年度のはじめ頃に取引が生じたケースであれば、実際に納税するまでには約1年の猶予があることになります。

個人の申告・納税の時期

納税義務を負う事業者が個人であるケースでは、課税対象となるM&Aの取引があった年の翌年の2月16日～3月15日（※土日祝日に重なるときは変動する可能性あり）の確定申告で、申告・納税を行います。

たとえば、課税対象となるM&Aの取引が1月20日に実施された場合は、翌年の3月15日までに申告・納税を行うことが必要です。
そのため、年のはじめ頃に取引が生じたケースであれば、実際に納税するまでには1年を超える猶予が生まれることもあります。

M&Aの税務リスク

M&Aにおける税務リスクは、ペナルティを課せられる可能性があることです。

定められた期日までに国税を申告・納税しなかった場合、法人・個人に対してペナルティとして延滞税が課されます。
延滞税は、法定納付期限の翌日から1日単位で課せられます。
また、納付期限から2ヶ月が経過すると、税率がさらに上がります。

M&Aの税金の申告・納税について悪質な対応だと判断された場合、無申告加算税や重加算税などが課税されることもあるでしょう。
また、地方税を延滞した場合、国税の延滞税に相当する延滞金および加算金が課税されることもあります。
M&Aを検討する際には、発生する税金の納付時期を前もって確認しておきましょう。

M&Aでよく活用される事業譲渡・株式譲渡とは

M&Aには数多くの手法がありますが、特に「事業譲渡」と「株式譲渡」が活用されることが多いです。
ここでは、2つのスキームの概要を解説します。

事業譲渡とは

事業譲渡とは、会社が営んでいる事業の一部もしくは全部を、他社に売却するM&Aの手法です。
事業譲渡においては、対価は現金のみに限定されます。

事業譲渡の売り手側のメリットは、売買する資産を個別に選択可能である点です。
売り手は売却を希望する資産のみを選んで譲り渡すことができます。
事業譲渡の買い手にとってのメリットは、簿外債務や偶発債務を承継するリスクを防げることです。
先述のとおり、資産を選んで買収できるため、思わぬ債務を引き継ぐ心配はありません。

株式譲渡とは

株式譲渡とは、譲渡企業の株主が保有している株式を売却するM&Aの手法です。
譲渡した株式の対価として、金銭等を株主が受け取ります。

株式譲渡の大きなメリットは、必要な手続きが比較的簡易である点です。
株式譲渡の実施にあたっては、債権者保護手続きや公告をしなくても済みます。
また、メリットの一つとして法人格が消滅しないことも挙げられます。

【売り手・事業譲渡】M&Aに関する税務

ここでは、M&Aの手法の一つである「事業譲渡」における、売り手側の税務について解説します。

事業譲渡で売り手側が納める税金の種類

法人が事業を譲渡するときに納税義務が生じる税金は「法人税等」です。
法人税等は、事業譲渡の実施によって獲得した譲渡所得（譲渡益）に対して課税されます。

課税対象	課税方式	税金の種類・税率
事業譲渡によって生じる譲渡所得	比例税率	法人税等：法定実効税率

法人税等の主な種類は、下記5つです。

• 法人税（国税）
• 地方法人税（国税）
• 法人住民税（地方税）
• 法人事業税（地方税）
• 特別法人事業税（地方税）

法人税等には比例税率が採用されているため、法人形態や企業規模などの区分ごとに規定された一律の税率が適用されます。

法人税等に適用される税率は「法人実効税率」です。
2024年1月時点での法人実効税率は、下記のとおりです。

名称	概要	税率
法人実効税率	損金算入を加味し、法人が実際に納付する税額を算出するために用いる税率	29.74％ （※2024年1月時点）

参照元：財務省『法人課税に関する基本的な資料』

ただし、厳密にいえば、該当する区分によって適用税率に変動があります。
概算ではなく正確な数字を算出したいときは、専門家に依頼して計算してもらいましょう。

参照元：
財務省『もっと知りたい税のこと 令和6年6月』
国税庁『No.5759 法人税の税率』
総務省『地方法人税（国税）』
総務省『法人住民税・法人事業税』
東京都主税局『特別法人事業税』
財務省『法人課税に関する基本的な資料』

事業譲渡で売り手側が納める税金の計算方法

事業譲渡における納税額を、法人実効税率を使って計算する方法は、下記のとおりです。

①事業譲渡の実施によって獲得できる譲渡所得を算出する。

事業譲渡による譲渡所得＝譲渡価額ー譲渡直前での帳簿価額

②事業譲渡による譲渡所得に対し、法人実効税率の29.74％を掛ける。また、税額控除がある場合はその分を差し引く。

事業譲渡にかかる納税額＝事業譲渡による譲渡所得×29.74％ー税額控除額

▼参照元
財務省『もっと知りたい税のこと 令和6年6月』

【売り手・株式譲渡】M&Aに関する税務

ここでは、M&Aの手法の一つである「株式譲渡」における、売り手側の税務について解説します。

株式譲渡で売り手側が納める税金の種類

保有者が法人である株式を譲渡するケースと、保有者が個人である株式を譲渡するケースに分けて、税務について解説します。

法人株主の場合

法人が保有する株式を譲渡した際に発生する税金は「法人税等」です。
法人税等は、株式譲渡によって得られた株式売却益に対して課税されます。

課税対象	課税方式	税金の種類・税率
株式譲渡によって生じる株式売却益	比例税率	法人税等：法定実効税率

法人税等の主な種類は、下記5つです。

• 法人税（国税）
• 地方法人税（国税）
• 法人住民税（地方税）
• 法人事業税（地方税）
• 特別法人事業税（地方税）

法人税等には比例税率が採用されているため、法人形態や企業規模などの区分ごとに決められた一律の税率が適用されます。

法人税等に適用される税率は「法人実効税率」です。
2024年1月時点での法人実効税率は、下記のとおりです。

名称	概要	税率
法人実効税率	損金算入を加味し、法人が実際に納付する税額を算出するために用いる税率	29.74％ （※2024年1月時点）

参照元：財務省『法人課税に関する基本的な資料』

ただし、厳密にいえば、該当する区分によって適用税率は上下します。
概算ではなく正確な数字を求めたいときは、専門家に依頼して算出することがおすすめです。

参照元：
財務省『もっと知りたい税のこと 令和6年6月』
国税庁『No.5759 法人税の税率』
総務省『地方法人税（国税）』
総務省『法人住民税・法人事業税』
東京都主税局『特別法人事業税』
財務省『法人課税に関する基本的な資料』

個人株主の場合

個人保有の株式を譲渡した際にかかる税金は、「所得税」「住民税」「復興特別所得税」の3つです。
これらの税金は、株式の売却益から経費を差し引いた「譲渡所得」に対して課税されます。

適用される課税方式は「申告分離課税」です。

課税対象	課税方式	税金の種類・税率
株式の譲渡による譲渡所得	申告分離課税	所得税：15％ 住民税：5％ 復興特別所得税：0.315％ 【合計：20.315％】

税率は、所得税・住民税・復興特別所得税を合計した20.315％です。

なお、復興特別所得税は所得税額に対する付加税のことです。
2037年まで課税されることを予定しています。

参照元：
国税庁『No.1300 所得の区分のあらまし』
国税庁『No.2220 総合課税制度』
国税庁『No.2240 申告分離課税制度』
国税庁『No.1463 株式等を譲渡したときの課税(申告分離課税)』

株式譲渡で売り手側が納める税金の計算方法

株式譲渡において売り手が納付する税金を計算する方法を、法人株主と個人株主に分けて解説します。

法人株主の場合

法人が保有する株式を譲渡したときの納税額を、法人実効税率を使って計算する方法は、以下のとおりです。

①株式譲渡の実施によって得られた譲渡所得を算出する。

株式による譲渡所得＝譲渡価額ー必要経費（取得費＋譲渡費用）

②株式による譲渡所得に対し、法人実効税率の29.74％を掛ける。また、税額控除がある場合はその分を差し引く。

株式譲渡にかかる納税額＝株式による譲渡所得×29.74％ー税額控除額

個人株主の場合

個人が保有する株式を譲渡したときの納税額を計算する方法は、以下のとおりです。

①株式の譲渡によって生じる譲渡所得を算出する。

株式による譲渡所得＝譲渡価額ー必要経費（取得費＋譲渡費用）

②株式による譲渡所得に対して、所得税・住民税・復興特別所得税の税率を合計した20.315％を掛ける。

株式譲渡にかかる納税額＝株式による譲渡所得×20.315％

【買い手・事業譲渡】M&Aに関する税務

ここでは、M&Aの手法の一つである「事業譲渡」における、買い手側の税務について解説します。

事業譲渡で買い手側が納める税金の種類

事業譲渡を行う買い手側に納税義務が発生する税金は「消費税」「不動産取得税」「登録免許税」の3つです。
これらの税金は、事業譲渡で取得した資産が課税対象となります。

課税対象	税金の種類・税率
課税資産の譲渡価額	消費税：10％
不動産の取得	不動産取得税：原則4％ （土地・住宅家屋については2027年3月31日まで3％が適用）
不動産の登記	登録免許税：原則2％ （土地については2026年3月31日まで1.5％が適用）

以下で、それぞれの税金に関して詳しく解説します。

消費税の概要

消費税は、事業譲渡を行った際の譲渡対象に、課税資産が含まれている場合に発生します。非課税資産に関してはかかりません。
2024年4月時点での消費税の税率は、10％です。

課税資産の種類と非課税資産の種類には、それぞれ以下のようなものがあります。

課税資産	非課税資産
土地を除く有形固定資産 無形固定資産 棚卸資産 のれん（営業権）	土地 有価証券 債権

上記の表の「課税資産」に分類される資産が含まれている場合は消費税が発生するため、納税に備えましょう。

参照元：
国税庁『営業の譲渡をした場合の対価の額』
国税庁『消費税のあらまし　2.どんな取引が課税対象？』
国税庁『No.6201 非課税となる取引』
国税庁『No.6102 消費税の軽減税率制度』

不動産取得税の概要

不動産取得税は、事業譲渡によって不動産を取得した場合にかかる税金です。
不動産取得税の税率は、原則4％です。
なお2027年3月31日までの期間においては、土地・住宅家屋を取得した場合に税率の特例が適用されて、税率が3％になります。

原則、取得した不動産の価額に対して税金が課せられます。
ただし2027年3月31日までの期間は、宅地および宅地評価された土地を取得したケースにおいて、課税標準額を価額の2分の1として計算できます。

参照元：
総務省『不動産取得税』
東京都主税局『不動産取得税』
東京都主税局『不動産取得税計算ツール』

登録免許税の概要

登録免許税は、事業譲渡で取得した不動産の登記を行うときに発生する税金のことを指します。
登録免許税の税率は、原則2％です。
土地の登録免許税については2026年3月31日まで軽減税率が適用されるため、1.5％です。

不動産の価額が、課税標準額となります。

参照元：
国税庁『No.7191 登録免許税の税額表』
法務局『○登録免許税はどのように計算するのですか？』

事業譲渡で買い手側が納める税金の計算方法

ここでは、事業譲渡を実施した場合に買い手側に納税義務が生じる消費税・不動産取得税・登録免許税の3つの税金の計算方法を紹介します。

消費税の計算方法

消費税の計算方法は、下記のとおりです。

消費税の納税額＝課税資産の取得価額×10％

課税資産の価額に10％をかけて、消費税額を算出します。

不動産取得税の計算方法

原則的な不動産取得税の計算方法は、下記のとおりです。

不動産取得税の納税額＝（不動産の取得価額ー特別控除額）×4％

2027年3月31日までの期間における「住宅家屋」の不動産取得税の計算方法は、下記のとおりです。

不動産取得税の納税額＝（住宅家屋の取得価額ー特別控除額）×3％

2027年3月31日までの期間における「土地」の不動産取得税の計算方法は、下記のとおりです。

不動産取得税の納税額＝土地の取得価額×3％ー減税額

2027年3月31日までの期間における「宅地および宅地評価された土地」の不動産取得税の計算方法は、下記のとおりです。

不動産取得税の納税額＝宅地および宅地評価された土地の取得価額×0.5×3％ー減税額

取得した不動産によって計算方法が異なるため、不安がある場合はM&A仲介会社や税理士などの専門家にチェックしてもらいましょう。

登録免許税の計算方法

登録免許税の原則的な計算方法は、下記のとおりです。

登録免許税の納税額＝不動産の取得価額×2％

2026年3月31日までの期間における「土地」の登録免許税の計算方法は、下記のとおりです。

登録免許税の納税額＝土地の取得価額×1.5％

正しく計算を行い、納税額を把握しておきましょう。

【買い手・株式譲渡】M&Aに関する税務

株式譲渡においては、買い手側に納税義務は原則発生しません。

ただし、算定された時価よりも著しく低い価額で株式の譲受を実施した場合、課税される可能性があるため注意しましょう。
取引価額によっては、「贈与を得た」「受贈益を得た」と判断されて、納税義務が発生します。

M&Aで節税する方法

最後に、M&Aで節税する方法を解説します。

M&Aの節税方法は、スキームによって異なります。
ここでは、事業譲渡と株式譲渡に分けて節税方法を紹介します。

事業譲渡の節税対策

事業譲渡における節税対策は、主に下記の2つです。

• 譲渡益を経費で相殺する
• 譲渡する資産を選別する

それぞれの詳細について解説します。

譲渡益を経費で相殺する

事業譲渡で得られた譲渡益を経費で相殺することで、法人税の節税につながります。

広告宣伝費や備品購入代、のれんなどを経費として計上して相殺し、課税対象額を減らしましょう。
また、固定資産の減価償却費などを計上することでも相殺できます。
事業譲渡による利益が発生する事業年度に経費を計上するために、固定資産の購入のタイミングを調整することもおすすめです。

譲渡する資産を選別する

譲渡を行う資産を選別することで、法人税を節税できます。

事業譲渡では、事業譲渡によって得られた譲渡所得に対して課税されるため、売却額が減ればその分課税額が減少します。
安易にすべてを売却することを決定せず、自社にとって有益な事業や買い手が買収を希望していない事業は残しておきましょう。

株式譲渡の節税対策

株式譲渡において講じられる節税対策は、主に下記の2つです。

• 役員退職金を利用する
• 分割型分割を活用する

それぞれの詳細について解説します。

役員退職金を利用する

株式譲渡の対価の一部を、役員退職金として受け取ることによって、節税につながります。
役員退職金として受け取ると節税につながる理由は、退職所得控除が適用できるからです。

また、対価を役員退職金として渡すことにより、適正額の範囲のなかで損金として計上できる点もメリットです。
益金がある場合には、損益通算によって課税対象額を減らせます。
さらに、翌期以降9期にわたって繰越欠損金として取り扱えるため、翌期以降の節税にもつながります。

分割型分割を活用する

分割型分割を活用することによって、節税につながることがあります。

分割型分割とは、株式分割をすることで会社を分割し、兄弟会社を設立することを指します。
譲渡する必要のない資産を兄弟会社に移行させて、余分な資産がない状態にしたうえで株式譲渡を実施すれば、その分課税額を減らせます。

ただし、兄弟会社を設立するときには課税が発生する可能性があるため、注意が必要です。
基本的に兄弟会社間の資産移動には税金が課されませんが、適格と認められなかったケースでは課税対象になることがあります。
思いがけない納税を防ぐため、専門家にアドバイスを仰ぎ、慎重に進めましょう。

まとめ

M&Aの取引額は高額になることが多く、それにともない課税額が高くなることがあります。
税負担によって経営に悪影響を及ぼさないように、M&Aに関連する税務を把握し、納税の準備をしておくことが大切です。
また、節税できることがあるため、節税対策方法についても知り、総合的に最も適切なM&Aスキームを選択しましょう。

レバレジーズM&Aアドバイザリー株式会社には、各領域の専門性に長けたコンサルタントが在籍しています。
M&Aに関する税務について、的確なアドバイスをいたします。
また、M&Aのスキーム策定から候補企業とのマッチング、M&Aの成約まで、一貫したサポートを提供することが可能です。
ぜひレバレジーズM&Aアドバイザリー株式会社の利用をご検討ください。